Pasar de ser afines al Movimiento al Socialismo y ahora críticos al Gobierno los volvió vulnerables ante el sistema judicial por su participación en el Fondo Indígena. Los exdirigentes Adolfo Chávez y Damián Condori advierten que la investigación política del Fondo pretende convertirse en una arremetida en su contra, según publica El Deber.
Extrañados ven el accionar de la Fiscalía y del Ministerio de Transparencia que anunciaron investigaciones e incluso la posibilidad de un mandamiento de aprehensión en el marco del Fondo Indígena.
La ministra de Transparencia, Lenny Valdivia, informó que Chávez exdirigente de la Confederación Indígena del Oriente Boliviano, fue convocado el 12 de agosto a declarar por haber recibido recursos del Fondo pero éstos no habrían sido utilizados.
El proyecto de "Fortalecimiento de capacidades técnicas y administrativas para la elaboración y gestión de proyectos de las organizaciones indígenas de tierras bajas”, empezó el 23 de agosto de 2010 con un financiamiento de Bs 900.000 ; se hicieron dos desembolsos de Bs 450.000 entre 2010 y 2011. Según Transparencia, hasta la fecha no se habrían presentado los respectivos descargos.