Tomás Katari y su secretario, el español Isidro Serrano, fueron enterrados en el cementerio de Quila Quila el 10 de enero de 1781, lo que hace imposible que la fecha de su muerte sea el 15 de enero de ese año, como tradicionalmente se repite en la historiografía oficial.
La fecha del entierro está en la partida que fue labrada para el efecto por el cura de Quila Quila, Tadeo Pajuelo, y se encuentra en el Archivo y Biblioteca Arquidiocesanos de Sucre (ABAS). El texto de ese documento, cuya copia fue facilitada a El Potosí por el historiador Norberto Torres, es el siguiente:
(al margen) Thomas Catari y su escribano.
En Quilaquila en diez de enero de setecientos ochenta y un años, yo el R. P. Fray Thadeo Pajuelo teniente de cura, enterré dos cuerpos mayores; el uno de Thomas Catari y el otro de su escribano, cuyo nombre se ignora; a quienes trajeron los indios de esta doctrina y los botaron en el cabildo, y de caridad se enterraron ambos en el cementerio con oficio rezado. Y para que conste lo firme.
(firma y rúbrica de:) Fray Thadeo Pajuelo.
La persona que aparece como "escribano" era, en realidad, el secretario de Tomás Katari, porque llevaba todos sus asuntos, incluida su correspondencia, dado que el curaca no sabía leer y escribir. Era un español, que respaldaba la causa de los indios que se sublevaron en macha y Pocoata el 24 y 25 de agosto de 1780, iniciando las grandes sublevaciones indígenas en el Perú. "Isidro Serrano, un español llamado 'descarriado' por los invasores, es secretario de Tomás Katari. Escribe su correspondencia y lo sigue a donde va", escribió Ramiro Reynaga.
Debido a ello, no es raro que Serrano haya sido capturado junto a Katari y ajusticiado junto a él en fecha que no se ha precisado, pero debió ser anterior al 10 de enero de 1781. En su libro "La rebelión de Tomás Katari", y basándose en los hechos descritos en el expediente judicial, Claudio Andrade dice que su muerte fue un lunes 8 de enero de 1781.
A Tomás Katari lo mataron cuando sus seguidores, encabezados por Julián Saralagua, intentaron rescatarlo en la cuesta de Chataquila. Al verse rodeado por los indios, el corregidor Juan Antonio de Acuña, que encabezaba la escolta de Katari, dio orden de ejecutar a los prisioneros de inmediato. Quien mató a Tomás fue Juan Bautista, llamado "el Genovés", y el esclavo negro de Acuña mató a Serrano. Luego, sus cuerpos fueron despeñados.
Indignados, los seguidores de Katari capturaron a Acuña, lo mataron a golpes y también lo despeñaron. El corregidor también fue enterrado, el 11 de enero, pero no en el cementerio sino en el templo de Quila Quila.
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